Perpustakaan yang ditulis dalam Nextflow

rnaseq

Pipa analisis pengurutan RNA menggunakan STAR, RSEM, HISAT2 atau Salmon dengan jumlah gen/isoform dan kontrol kualitas yang ekstensif..
  • 646
  • MIT

patterns

Kumpulan pola implementasi Nextflow (oleh nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Pipeline analisis untuk mendeteksi germline atau varian somatik (pra-pemrosesan, pemanggilan varian, dan anotasi) dari WGS/pengurutan yang ditargetkan.
  • 256
  • MIT

chipseq

Pemanggilan puncak ChIP-seq, QC dan saluran analisis diferensial..
  • 149
  • MIT

atacseq

Jalur pemanggilan puncak ATAC-seq dan analisis QC.
  • 142
  • MIT

mag

Perakitan dan binning metagenom.
  • 134
  • MIT

eager

Saluran analisis DNA kuno yang sepenuhnya dapat direproduksi dan canggih.
  • 96
  • MIT

configs

File konfigurasi yang digunakan untuk menentukan parameter khusus untuk menghitung lingkungan di Institusi yang berbeda (oleh nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Bukti konsep pipa RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) alur kerja praktik terbaik untuk penyakit langka.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Pengetikan HLA presisi dari data pengurutan generasi berikutnya.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Bukti konsep pipa RNA-Seq dengan Nextflow.
  • 28

GATK

Varian Germline Calling Nextflow Pipeline Berdasarkan Praktik Terbaik GATK4.
  • 11